为什么会出现上述问题呢，通常来说主要原因有以下几点：
一是职能部门工作很难量化，很多考核指标都是定性的，目标值和评分标准很难具体化，不象业务单位那样有硬性的考核指标；这是职能部门所行使的指导、监督、服务等管理监督职能所决定的；
二是职能部门之间工作差异较大，有人力资源管理、财务管理、经济运行管理、资产管理等职能，在国有企业还有党委、工会、监察等，各部门都承担着不同的角色，考核指标、目标值和权重的设定不好把握，考核得分的可比性较差；
三是职能部门特别是职能部门基层员工过程性工作比较多，而能够直接对经营结果产生影响的工作很少，这些工作监控起来也比较难，给考评打分的公平、公正和客观性带来一定的难度；
四是职能部门和职能岗位的直接上级领导不同，很多企业采用的是职能部门和职能岗位直接考核人就是直接上级领导的办法，不同的直接上级领导对软性指标的打分必然出现手松手紧之问题。
以上原因都是职能部门的职能定位和特点所决定的，笔者认为，企业在进行职能部门和职能类岗位绩效管理方案和指标设计时是否考虑了部门、岗位的“平衡”很关键，关注绩效考核的平衡性能够在一定程度上解决包括上述问题在内的一系列绩效考核问题。具体来说就是平衡公司与部门之间、部门与部门之间、岗位与岗位之间的考核指标、考核目标值及评分标准、考核指标评分、考核结果运用等要素。平衡了这些要素之间的关系，才能从系统上减少绩效考核问题的出现：
第一，考核指标的平衡
首先是公司层分解指标与从部门职责得出指标的平衡。在设计职能部门考核指标时，应当首先从公司层指标进行分解至部门，然后再从部门的职责来进行设计指标。从公司层指标进行分解，使职能部门能从公司整体利益出发，明确职能部门在企业经营业绩实现过程中需要直接做出的贡献和对其它部门提供的支持。让部门明白本部门对企业经营的贡献在哪里，需要为哪些部门提供什么样的支持，为什么要提供这些支持，这样一来各职能部门形成合力，共同从公司利益出发，避免部门各自为政的现象。同样，在设计职能类岗位考核指标的时候，也应当首先从公司、部门层面指标来进行分解，然后再结合岗位职责进行指标设计，使得岗位上的员工能够从公司、部门整体利益出发考虑问题；
其次是定性类指标和定量类指标的平衡。不同企业和部门的领导风格不同，一些领导要求考核指标都量化，实际上这种想法是不现实的，职能部门的业绩指标如果过于强调量化就会给考核数据收集带来很大的工作量，导致考核成本极高，另外还会导致主要的业绩指标因为无法量化而被舍弃，次要的业绩因为可以量化而被选取，这样就体现不出部门和岗位的关键业绩了；
再次是结果性指标和过程性指标的平衡。职能部门和职能类岗位不少工作是过程性的，特别是职能部门基层员工的工作动态性很强，很难体现在长期的经营结果中。这就要求我们在设计指标的时候考虑强调结果性的关键业绩指标和强调过程的工作计划指标之间的平衡。较短的考核周期中过程性的工作计划指标占比重大，在较长的考核周期中尽量设置结果性的关键业绩考核指标。基层员工考核指标中过程性的工作计划指标所占的比重多一些，越往上一管理层级，考核指标中工作计划所占的权重就越少，结果性的关键业绩指标占的权重就越多。
第二，考核目标值及评分标准的平衡
首先是公司目标值与部门目标值的平衡。在设置部门考核指标的目标值时，首当其冲应当考虑公司目标值如何实现，部门目标值如何承接公司的目标值，使部门目标值为公司目标值服务，这样各部门才能够一致为公司业绩目标值共同努力，部门目标值也才能更好地实现；
其次是部门与部门之间的目标值及评分标准的平衡。不同职能部门之间的指标具有一定的差异性，但是工作的难度在一定程度上是可以估量的，例如在时间、质量等纬度上容易取得成绩的指标目标值应当比那些不容易出成绩的指标目标值要求更高，而不是同一等级的标准，指标的评分标准也一样需要来平衡惩罚和奖励标准。在每个考核周期之初，各职能部门签订绩效合同需要采用高层集中会议的形式来会审各部门目标值及评分标准，以确保部门之间的考核目标值及评分标准的平衡性；
再次是部门内各岗位之间目标值及评分标准的平衡。部门负责人对于部门内部各岗位的工作难度、工作量等都是比较清楚的，对于工作难度大、工作量大的岗位目标值可以考虑设定得低一些，而对于工作比较容易，工作量相对轻松的岗位目标值可以设定得高一些。难度大的容易出错的则受到扣分等惩罚的程度应当小一些，而那些不容易出错的指标则受到的扣分等惩罚应当大一些，对公司、部门业绩影响大的指标评分标准应当更加严厉一些，而对公司、部门业绩影响小的指标评分标准应当宽松一些。
第三，考核评分的平衡
首先是职能部门考核评分的平衡。职能部门考核指标中定性指标比重大，不同部门的考核评分人又不同，这样势必造成打分的主观性比较强、打分的尺度不一的现象。企业可以在各位分管领导考核评估完成之后，召开集体会议对职能部门的评分结果进行会审，平衡各考核人的打分尺度，特别是年度考核中结果性指标比重大，考核评估更具有会审的基础；
其次是部门内各岗位考核评分的平衡。部门内部各岗位的考核评分人也不同，各岗位的打分尺度很可能不一，这就需要部门管理人员进行统一的平衡。
第四，考核结果运用的平衡
首先是公司效益、部门业绩和岗位员工收益的平衡。员工收益的高低是基于公司效益、部门业绩的基础上的，所以在考核结果运用中，员工的绩效奖金分配、薪酬调整等都应当与公司效益和部门业绩相互结合。公司效益好，员工也同样受益，部门考核结果优秀的部门员工得到的绩效奖金和薪酬晋级的机会也应当更多，例如在进行考核结果强制分布时，考核等级为优秀的部门，部门内部员工评定为优秀的比例应当比考核等级为良好的部门的优秀级员工比例高；
其次是短期、中期和长期考核结果运用的平衡。职能部门和职能岗位员工考核根据企业的实际情况一般分为月度、季度、年度，有些企业还有半年度考核，不同的考核周期考核的侧重点是不同的，一般来说，月度、季度考核的侧重点在于一些基础工作和过程性的工作，而半年度和年度考核则侧重于一些结果性的业绩指标。对于职能部门和职能岗位员工来说，考核的指标既要关注过程，又要关注结果，所以在进行绩效奖金、薪酬调整、晋升、表扬、培训等结果运用上，需要考虑长、中、短期考核结果运用的平衡。例如员工年度调整薪酬，就不应只关注年度考核结果，而可以将月度、季度或者半年度等考核结果纳入年度薪酬调整资格评定中来。
上述职能部门和职能岗位绩效考核平衡方法是从绩效管理的方案和指标设计方面来避免一些因绩效管理问题，在企业实际运作中还需要从其他各个方面来促进绩效管理体系的提升，比如不断提高考核责任人――企业管理人员的素质和责任心，使各岗位管理人员能够根据企业具体情况有效地执行绩效方案，并根据企业生产经营的变化不断给绩效管理这座大厦添砖加瓦，绩效管理体系才能更加有效地为企业战略目标的实现服务。